所以，南科大未来的走向，一方面取决于国家教改的走向，另一方面取决于深圳市政府与南科大的关系。如果国家教改能按照教改纲要的精神，切实推动，那么，转正之后的南科大，还有自主招生、自授学位的可能性。因为按照纲要精神，要落实和扩大学校的办学自主权，其中就包括学位授予权，只要国家修订学位条例，明确自授学位的条件，同时建立全新的学历学位认证体系，不但为南科大的改革提供了可行的制度环境，也给所有高校的改革，提供了全新的空间。

而深圳政府与南科大的关系，则体现在南科大章程的制订中。在笔者看来，转正之际的南科大，应当给社会交出的一份最好答卷是，一份可以作为范本的大学章程。这远比南科大的校舍、师资，以及找到一个接班人更为重要。深圳和南科大应在目前的南科大管理暂行办法基础上，进一步制订南科大章程，并纳入立法程序。这也是朱校长在卸任之前，应该努力攻克的。当有了南科大章程，政府、学校、教师、学生的权责明晰，大学理事会、大学校长的遴选、大学内部的行政权和教育权、学术权，就都有了明确规范，一所学校的走向，不因校长的变化而变化，一所学校的文化，由于制度的维护而传承，这样的大学，未来就值得期待。